A ringraziamento per la fine del secondo conflitto mondiale senza danni di rilievo alla chiesa, i fedeli vollero ringraziare la Beata Vergine Maria per la sua intercessione: cosi', sul fianco della chiesa opposto a quello della sacrestia, nel locale originariamente destinato a penitenzieria, fu eretta una cappella in onore della Madonna di Fatima.
Si tratta della prima chiesa a Milano dedicata alla Madonna di Fatima; un culto che a quel tempo stava appena cominciando a diffondersi.
Nel 1948 si diede incarico al pittore Vanni Rossi di affrescare la nuova cappella con i misteri gaudiosi, dolorosi e gloriosi del S. Rosario e da alcune scene relative alle apparizioni di Fatima. Lo stesso pittore affrescò negli anni seguenti anche l’abside ed altre parti della Basilica.